2026년 주택 세제 개편안이 발표되면서 초고가 주택이나 실제로 거주하지 않는 주택을 보유한 사람들의 종합부동산세와 양도소득세 부담이 얼마나 늘어날지 관심이 커지고 있습니다.

이번 개편의 핵심은 단순히 주택 수만 따지는 방식에서 벗어나 주택가액과 실제 거주 여부를 중심으로 세금을 부과하는 것입니다.

실거주 1주택자의 종부세 기본공제는 확대하지만, 초고가 주택은 종부세율을 높이고 양도소득세 장기보유특별공제에는 금액 한도를 신설합니다.

다만 2026년 9월 1일 국무회의 수정안에서 비거주 1주택자의 기본공제 축소와 보유세 세 부담 상한 확대는 철회됐습니다.

그렇다면 실제 종부세와 양도세는 얼마나 오를까요.

먼저 알아야 할 국무회의 수정 내용

지난 8월 3일 발표된 최초 세제개편안과 9월 1일 국무회의 수정안에는 중요한 차이가 있습니다.

구분	최초 발표안	국무회의 수정안
실거주 1주택 기본공제	12억 원 → 14억 원	14억 원으로 상향 유지
비거주 1주택 기본공제	12억 원 → 9억 원	12억 원 현행 유지
보유세 세 부담 상한	150% → 200%	150% 현행 유지

따라서 비거주 1주택자의 기본공제가 9억 원으로 확정됐다는 설명은 최신 내용을 반영하지 못한 것입니다.

비거주 1주택자의 기본공제는 현행과 같은 12억 원이 유지됩니다. 재산세와 종부세를 합한 보유세 세 부담 상한 역시 전년도 보유세의 150%로 유지됩니다.

하지만 고가 과세표준 구간의 종부세율 인상과 양도세 장기보유특별공제 개편은 그대로 추진됩니다.

종부세는 얼마나 오르나

종부세는 주택 시세에 바로 세율을 곱해 계산하지 않습니다.

일반적인 계산 구조는 다음과 같습니다.

종부세 과세표준 = 공시가격 합계액 – 기본공제 × 공정시장가액비율

여기에 과세표준 구간별 세율을 적용하고 재산세 중복분 공제, 고령자·장기보유 세액공제, 세 부담 상한 등을 반영해 최종 세액을 계산합니다.

따라서 같은 시세의 주택이라도 공시가격, 실제 거주 여부, 보유기간, 소유 형태에 따라 세금이 달라질 수 있습니다.

실거주 1주택자는 기본공제가 늘어난다

실제 거주하는 1세대 1주택자의 종부세 기본공제는 공시가격 12억 원에서 14억 원으로 올라갑니다.

정부 설명에 따르면 시가 약 20억 원 이하의 실거주 1주택자는 종부세 과세 대상에서 제외되고, 시가 20억~30억 원 구간은 세 부담이 낮아질 가능성이 있습니다.

예를 들어 공시가격이 13억 원인 실거주 1주택자는 현행 기준에서는 기본공제 12억 원을 제외한 금액이 남습니다.

개편안의 기본공제 14억 원이 적용되면 공시가격이 기본공제보다 낮기 때문에 종부세 과세 대상에서 제외될 수 있습니다.

따라서 중저가 또는 중간 가격대 실거주 1주택자는 종부세가 오르기보다 줄어들 가능성이 큽니다.

비거주 1주택자는 기본공제 축소를 피했다

최초안은 실제로 거주하지 않는 1주택자의 기본공제를 12억 원에서 9억 원으로 낮추는 내용을 담고 있었습니다.

이 방안이 그대로 시행됐다면 공시가격 12억 원 이하 비거주 1주택자도 새로 종부세를 낼 가능성이 있었습니다.

하지만 국무회의 수정안에서 비거주 1주택자의 기본공제는 12억 원으로 유지됐습니다.

따라서 기본공제 축소로 인한 직접적인 종부세 증가는 일단 피하게 됐습니다.

다만 비거주 1주택이라도 주택가격이 매우 높으면 과세표준 구간의 세율 인상으로 세 부담이 늘어날 수 있습니다.

초고가 주택은 종부세율이 높아진다

개편안은 종부세 과세체계를 주택 수 중심에서 주택가액 중심으로 전환합니다.

과세표준 구간	2026년 현행	2027년 정부안	2028년 정부안
3억 원 이하	0.5%	0.5%	0.5%
3억~6억 원	0.7%	0.7%	0.7%
6억~12억 원	1.0%	1.3%	1.3%
12억~25억 원	1.3% 또는 2.0%	2.0%	2.0%
25억~50억 원	1.5% 또는 3.0%	3.0%	3.0%
50억~94억 원	2.0% 또는 4.0%	4.0%	4.0%
94억 원 초과	2.7% 또는 5.0%	3.5%	5.0%

과세표준 6억 원 이하 구간은 현행 세율을 유지하지만 6억 원을 넘으면 세율이 단계적으로 인상됩니다.

특히 과세표준 12억 원을 초과하는 고가 주택은 세율 인상폭이 커집니다.

정부는 시가 약 30억~40억 원대 실거주 주택의 세 부담 변동을 최소화하고, 시가 40억~50억 원을 넘는 주택부터 부담이 커지도록 제도를 설계했다고 설명했습니다.

그러나 시가 50억 원이라고 해서 시가 전체에 높은 세율이 적용되는 것은 아닙니다. 기본공제와 공정시장가액비율을 적용해 산출한 과세표준에 구간별 누진세율이 적용됩니다.

종부세가 두 배로 오를 수 있나

국무회의 수정안에서는 보유세 세 부담 상한을 현행 150%로 유지했습니다.

따라서 일정 요건을 충족한다면 해당 연도의 재산세와 종부세 합계액은 전년도 해당 보유세의 150%를 넘지 않도록 제한됩니다.

예를 들어 전년도 상한 계산의 기준이 되는 보유세가 1,000만 원이라면 당해 연도 상한액은 원칙적으로 1,500만 원입니다.

세율 인상으로 계산된 세금이 이보다 많더라도 세 부담 상한이 적용되면 증가폭이 제한될 수 있습니다.

다만 세 부담 상한은 단순히 전년도 실제 납부액만 비교하는 방식이 아니며, 주택 보유 상태와 법정 산식에 따라 기준액이 달라질 수 있습니다.

양도세는 비거주 주택의 부담이 더 커진다

이번 개편에서 비거주 주택 보유자가 가장 주의해야 할 부분은 종부세보다 양도소득세입니다.

현행 고가 1세대 1주택 장기보유특별공제는 보유기간과 거주기간에 각각 연 4%를 적용합니다.

보유기간 10년 이상이면 최대 40%, 거주기간 10년 이상이면 최대 40%를 적용해 총 80%까지 공제받을 수 있습니다.

개편안은 이 공제 비율을 다음과 같이 변경합니다.

구분	2027년까지	2028년	2029년부터
보유기간 공제	연 4%, 최대 40%	연 2%, 최대 20%	폐지
거주기간 공제	연 4%, 최대 40%	연 6%, 최대 60%	연 8%, 최대 80%
합계 최대 공제율	80%	80%	80%

2028년에는 보유기간 공제율이 연 2%로 줄어들고, 2029년부터는 보유기간에 따른 공제가 없어집니다.

반대로 거주기간 공제율은 2028년 연 6%, 2029년부터 연 8%로 올라갑니다.

결과적으로 오랫동안 주택을 보유했더라도 실제로 거주하지 않았다면 공제 혜택이 크게 줄어들 수 있습니다.

15년 보유하고 거주하지 않았다면

예를 들어 고가 1주택을 15년 동안 보유했지만 실제로 거주하지 않았다고 가정해 보겠습니다.

현행 제도에서는 보유기간에 따라 최대 40%의 장기보유특별공제를 적용받을 가능성이 있습니다.

2028년에 양도하면 보유기간 공제 한도가 최대 20%로 줄어듭니다.

2029년부터는 보유기간 공제가 없어지기 때문에 실제 거주기간이 없다면 거주기간에 따른 장기보유특별공제도 받을 수 없습니다.

단순하게 보면 장기보유특별공제율이 40%에서 20%, 이후 0%로 줄어들 수 있는 것입니다.

양도차익이 20억 원인 비거주 1주택자가 현행 제도에서 40% 공제를 받는다고 가정하면 공제액은 8억 원입니다.

2028년 보유기간 공제가 최대 20%로 줄면 공제액은 4억 원으로 감소합니다. 과세 대상 양도차익이 단순 계산으로 4억 원 늘어나는 셈입니다.

2029년부터 보유기간 공제가 완전히 없어지고 거주기간 공제도 없다면 공제받지 못하는 8억 원이 과세표준 계산에 추가로 반영될 수 있습니다.

실제 양도세 증가액은 양도가액, 취득가액, 필요경비, 1주택 비과세 적용분, 보유·거주기간과 누진세율에 따라 달라집니다.

실거주해도 초고가 주택은 공제 한도에 걸릴 수 있다

실제 거주기간이 10년 이상인 1주택자는 개편 이후에도 최대 80%의 공제율을 적용받을 수 있습니다.

하지만 공제율과 별도로 장기보유특별공제 금액에 상한이 신설됩니다.

양도 시기	장기보유특별공제 금액 한도
2027년까지	별도 금액 한도 없음
2028년	최대 20억 원
2029년부터	최대 10억 원

예를 들어 초고가 주택의 공제 대상 양도차익이 30억 원이고 최대 공제율 80%가 적용된다면 계산상 공제액은 24억 원입니다.

2028년에는 공제 한도가 20억 원이므로 4억 원을 추가로 공제받지 못하게 됩니다.

2029년 이후에는 공제 한도가 10억 원으로 줄어 계산상 공제액 24억 원 중 14억 원을 공제받지 못할 수 있습니다.

따라서 10년 이상 실거주한 사람이라도 양도차익이 큰 초고가 주택을 매도한다면 양도세 부담이 상당히 늘어날 가능성이 있습니다.

종부세와 양도세 부담이 가장 크게 늘어날 사람

이번 세제 개편으로 가장 큰 영향을 받을 가능성이 있는 대상은 다음과 같습니다.

• 시가 40억~50억 원을 넘는 초고가 1주택자
• 공시가격과 종부세 과세표준이 높은 주택 보유자
• 주택을 장기간 보유했지만 실제로 거주하지 않은 1주택자
• 양도차익이 10억~20억 원을 크게 넘는 초고가 주택 보유자
• 여러 채의 주택을 보유해 합산 공시가격이 높은 다주택자

반면 공시가격 14억 원 이하 실거주 1주택자는 기본공제 확대에 따라 종부세가 줄거나 과세 대상에서 제외될 가능성이 있습니다.

주택 유형별 예상 영향

주택 보유 유형	종부세 영향	양도세 영향
공시가격 14억 원 이하 실거주 1주택	감소 또는 과세 제외 가능	기존 실거주 공제 유지 가능
시가 20억~30억 원 실거주 1주택	감소 가능성	양도차익에 따라 영향 제한적
시가 30억~40억 원 실거주 1주택	큰 변동을 최소화하도록 설계	공제액 한도 여부 확인
시가 40억~50억 원 초과 실거주 1주택	세율 인상 영향 가능	초고가 공제액 한도 영향
고가 비거주 1주택	기본공제 12억 원 유지, 고가 세율 영향	장기보유특별공제 대폭 축소 가능
다주택자	합산 주택가액에 따라 고율 적용	조정대상지역 중과 여부 확인

세금 계산 전에 반드시 확인할 사항

종부세와 양도세가 얼마나 오르는지는 주택 시세만으로 계산할 수 없습니다.

다음 정보를 먼저 확인해야 합니다.

• 주택의 정확한 공시가격
• 단독명의 또는 공동명의 여부
• 1세대 1주택 요건 충족 여부
• 주택 취득가격과 예상 양도가격
• 취득세·중개수수료·리모델링비 등 필요경비
• 실제 보유기간과 거주기간
• 고령자 및 장기보유 세액공제 적용 여부
• 상속주택·일시적 2주택·임대주택 특례 여부
• 계약일과 잔금일에 따른 적용 연도

특히 해외에 장기간 체류했거나 다른 주택에서 생활한 사람은 주민등록만으로 실거주 여부를 판단해서는 안 됩니다. 전기·수도 사용 내역, 가족의 거주지, 근무지와 생활 근거지 등 실제 거주 사실을 보여주는 자료가 중요해질 수 있습니다.

2029년 전에 주택을 팔아야 할까

비거주 고가 1주택자와 양도차익이 큰 초고가 주택 보유자는 2027년, 2028년, 2029년의 예상 세액을 각각 비교할 필요가 있습니다.

2028년부터 보유기간 공제가 축소되고 장기보유특별공제 금액 한도가 20억 원으로 설정됩니다. 2029년부터는 보유기간 공제가 폐지되고 공제액 한도도 10억 원으로 낮아집니다.

그러나 세금이 오른다는 이유만으로 서둘러 주택을 매도하는 것이 항상 유리한 것은 아닙니다.

향후 주택가격, 이사 비용, 대체 주택 구입비, 중개수수료, 취득세와 금융비용까지 함께 비교해야 합니다.

세금 절감액보다 주택가격 상승분이나 거래비용이 더 클 수도 있기 때문입니다.

결론

2026년 초고가·비거주 주택 세제 개편안은 모든 1주택자의 세금을 일괄적으로 올리는 정책은 아닙니다.

공시가격 14억 원 이하 실거주 1주택자는 종부세 부담이 줄어들 가능성이 있습니다. 비거주 1주택자도 기본공제가 12억 원으로 유지되면서 당초 예상했던 직접적인 종부세 증가는 피했습니다.

하지만 시가 40억~50억 원을 넘는 초고가 주택은 종부세율 인상의 영향을 받을 수 있습니다.

양도세에서는 실제 거주하지 않은 장기보유 1주택자의 공제 혜택이 크게 줄어들고, 장기 실거주자라도 양도차익이 크면 공제액 상한으로 인해 세금이 늘어날 수 있습니다.

따라서 이번 개편의 영향을 판단할 때는 주택 수보다 공시가격, 실제 거주기간, 양도차익과 매도 시기를 함께 살펴봐야 합니다.

현재 내용은 2026년 9월 1일 국무회의에서 수정 의결된 정부 법률안을 기준으로 합니다. 국회 심사와 법률 공포 과정에서 세율, 공제액, 시행 시기와 경과규정이 달라질 수 있으므로 실제 매도나 신고 전에는 최종 법률을 반드시 확인해야 합니다.